このページではIllustrator9でのEPS保存されたファイルのエラーに ついての説明を掲載しております。
疑問
Illustrator9で「ラスタライズ解像度」の値は「600ppi」を指定していますが、EPS保存したファイルをQuarkXPressやInDesignなどに貼り込んで出力すると使用している画像が粗く出力される場合があるのですが？（使用しているIllustratorは9.0.2です）
回答
Illustrator9で透明があるPhotoshopデータ（PSDデータ）をリンクで貼り込んでいる場合、EPS保存する際に埋め込む警告 
が出ていないPhotoshopデータであっても埋め込まないと画像が粗い状態にラスタライズされる場合があるからです。（Illustrator形式では関係ありません）
このため、Illustrator9でPhotoshopデータを使用している場合には、リンクパレットから「画像を埋め込み」でPhotoshopデータを全て埋め込んだ方がより安全にEPS保存ができるといえます。
→ 画像を埋め込む → 
なお、調べた範囲ではIllustrator10では同じデータで同じ作業を行ってもこの現象は再現できませんでした。（リンク状態でも正しくラスタライズされる）