このページではPhotoshopから直接PDFを作成する時のレイヤーの設定について掲載しています。
レイヤーはなるべく統合してください。
レイヤーは統合しなくてもPDF作成やPDF出力は可能†1ですが、レイヤーを統合してあった方がより安全に出力できます。
対処方法
レイヤーパレットのメニューから「画像を統合」を選択するとレイヤーの統合が行えます。

▲画像はPhotoshop6です。
- †1: Photoshop5ではレイヤーを統合しないとPDF作成はできません。
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レイヤーはなるべく統合してください。
レイヤーは統合しなくてもPDF作成やPDF出力は可能†1ですが、レイヤーを統合してあった方がより安全に出力できます。
レイヤーパレットのメニューから「画像を統合」を選択するとレイヤーの統合が行えます。

▲画像はPhotoshop6です。