例えば、表面がInDesignで作ったPDFで、裏面がWordで作ったPDFの場合、入稿する際にPDFファイルをひとつにしないとダメなのでしょうか？
PDFをまとめてひとつのファイルにする必要はありません。
チラシ・フライヤー印刷などの両面の印刷でしたら表と裏と天地方向がわかれば問題はありません。
カタログ・冊子印刷の場合は、そのファイルが何ページ目かがわかれば、もしくはファイルの順番が分かれば問題はありません。ファイル名にページ数を入れるか、ファイル名を連番にしてください。
印刷用のPDFファイルであるPDF/X-1a・PDF/X-4のファイルを、Acrobatなどのソフトで複数のPDFファイルをひとつにまとめると、PDF/Xの規格準拠では無くなってしまう場合があります。
また、まとめ方によっては印刷には適さないPDFになってしまう場合もありますので無理にまとめず、そのままご入稿下さい。